水泵水轮机在日常工作中要兼顾水泵工况和水轮机工况。由于水泵工况难以随导叶进行流量及入力调节，且高效率区窄，工况的空化性能更是比水轮机工况差，同时在设计里通常以水泵工况为主，然后再利用水轮机进行复核，因此水轮机工况会偏离zui优效率区。倒致水泵水轮机的运行，容易产生振动和不稳定的现象。
水泵在高扬程，小流量运行区域内极易出现常见的驼峰区特性，对水泵工况的安全稳定运行造成不利影响。因此，在设计时通常会对水泵工况的驼峰区的安全度有严格要求规定，从而避开常见的驼峰区运行。
水轮机如果在低于额定水头的空载开度运行时，很有可能会进入S型特性，也称之为S形不稳定区。在此特性下会机组频率在网频附近上下波动，难以正常并网，更可能会造成由调相工况转发电运行及水轮机工况的甩负荷停机过程产生不稳定运行区，甚至滑入反水泵工况。目前各大水轮机制造厂从水力特性上已经解决S型特性问题。水轮机的淹没深度不仅要满足水泵、水轮机两种工况的防空蚀要求，还要保证各过渡过程中尾水管内不出现水柱分离现象。故水泵水轮机均采用较大的淹没深度，其安装高程比常规混流式水轮机低很多。该特点使抽水蓄能电站的水淹厂房问题比常规水电站更为突出。
水泵水轮机的主轴密封不仅承受主轴双向运转引起的压力变化和振动，还承受较高淹没深度下产生的水压和水泵启动或调相运行时充气压水所产生的气压，故其主轴密封比常规水轮机主轴密封要求更为严格。
水泵工况断电时，机组流量及力矩快速向水轮机方向增大，尤其低比转速水泵水轮在低扬程大导叶开度下断电工况，如果导叶拒动容易产生比较高的水力矩及压力脉动，因此水泵工况断电宜快速将导叶关至一必较小的开度，然后再慢慢关闭导叶，以避免机组经水泵制动区时不产生不必要的高压力脉动及高力矩。当然，导叶的关速关闭速度还需要注意保证引水系统低压部分管路的压力高于允许值。